Organismos Bentônicos
O Projeto Ilhas do Rio realiza o monitoramento da comunidade bentônica, com ênfase nas esponjas, visa entender se há diferenças entre os costões rochosos de áreas protegidas pela UC e fora dos limites da mesma. Além disso, a continuação do levantamento da biodiversidade permite conhecer as espécies que ocorrem no litoral do Rio de Janeiro.
Avifauna
O Projeto Ilhas do Rio realiza, desde 2011, o acompanhamento do processo reprodutivo do importante ninhal do atobá-marrom (Sula leucogaster) e da fragata (Fregata agnificens) nas Ilhas Cagarras e Redonda, com identificação de áreas e épocas significativas para a reprodução e preservação das espécies.
Mastofauna Terrestre
O Projeto Ilhas do Rio iniciou em 2020 uma pesquisa para monitorar os mamíferos terrestres, sejam nativos, como os morcegos, como também as espécies exóticas invasoras, como ratos e coelhos.
Cetáceos
O Projeto Ilhas do Rio realiza o monitoramento a longo prazo da ocorrência do golfinho-flíper (Tursiops truncatus) no Arquipélago das Cagarras, Ilha Redonda e áreas adjacentes, e, o levantamento qualitativo de outros cetáceos, que permite uma interpretação espaço-temporal da distribuição das espécies.
Tartarugas Marinhas
O Projeto Ilhas do Rio iniciou em 2020 a pesquisa inédita para realizar a identificação e o monitoramento das tartarugas marinhas no MONA Cagarras.
