Organismos Bentônicos
De 2011 a 2019, o Projeto Ilhas do Rio realizou a identificação e o monitoramento da comunidade bentônica nas ilhas cariocas. A pesquisa, com ênfase nas esponjas, buscou entender as diferenças entre os costões rochosos de áreas protegidas pela UC e de fora de seus limites. A continuação do levantamento da biodiversidade da fauna bentonita permitiu conhecer e registrar as espécies que ocorrem no litoral do Rio de Janeiro.
Avifauna
O Projeto Ilhas do Rio realizou, entre 2011 e 2019, o acompanhamento do processo reprodutivo do importante ninhal do atobá-marrom (Sula leucogaster) e da fragata (Fregata agnificens) nas Ilhas Cagarras e Redonda, com identificação de áreas e épocas significativas para a reprodução e preservação das espécies.
Peixes Recifais
O Projeto Ilhas do Rio realiza, desde 2011, o monitoramento de peixes recitais nas ilhas do MONA Cagarras e ilhas do entorno.
O monitoramento de longa duração permite uma análise da efetividade da Unidade de Conservação.
Cetáceos
O Projeto Ilhas do Rio realiza o monitoramento a longo prazo da ocorrência do golfinho-flíper (Tursiops truncatus) no Arquipélago das Cagarras, Ilha Redonda e áreas adjacentes, e, o levantamento qualitativo de outros cetáceos, que permite uma interpretação espaço-temporal da distribuição das espécies.
Tartarugas Marinhas
O Projeto Ilhas do Rio iniciou em 2020 a pesquisa inédita para realizar a identificação e o monitoramento das tartarugas marinhas no MONA Cagarras.
