O ecossistema da Lagoa é caracterizado por um estuário com ligação temporária com o mar da praia da Ipanema e que abriga determinadas espécies que têm parte do seu ciclo de vida/reprodutivo totalmente relacionado às águas internas e externas.

Existe uma interface clara das Ilhas Cagarras e ecossistemas estuarinos adjacentes, como a Lagoa Rodrigo de Freitas.

O Projeto Ilhas do Rio realizou em 2017-2019 um estudo inédito sobre a conectividade genética da tainha (Mugil liza). 

Essas espécies de peixes, comercialmente importantes, vivem na Lagoa Rodrigo de Freitas e no mar aberto, também próximo às Ilhas Cagarras. Com base nos resultados, foi possível confirmar uma única população dentro e fora da lagoa.

Como M. liza é um peixe catádromo, os indivíduos nascem em água salgada e, em seguida, migram para a água doce como juvenis, onde se tornam adultos antes de migrar de volta para o oceano para desovar.