A área de atuação do Projeto Ilhas do Rio coincide com o trecho do litoral brasileiro que está extremamente exposto à degradação marinha causada pela urbanização e ocupação desordenada da região costeira. Esse fato somado a má destinação dos resíduos sólidos e efluentes industriais e domésticos, faz com que a região litorânea do Rio de Janeiro e suas icônicas praias sejam impactadas diretamente por lixo e línguas negras. Essa poluição causa perda na biodiversidade marinha, bem como pode gerar impactos negativos na economia local, por diminuição de balneabilidade do mar, e também provocar problemas de saúde pública.