Algumas ilhas que compõem a Unidade de Conservação (UC), por exemplo, ficam a menos de 2km a noroeste do Emissário Submarino de Esgoto de Ipanema, que despeja cerca de 6,5 m³/s de esgoto in natura diretamente no mar.

Devido à sua proximidade com a Baía de Guanabara, apenas 8km, a qualidade ambiental da UC e de seu entorno também pode ser influenciada pelas suas águas poluídas. Há ainda o tráfego diário de embarcações de médio e pequeno porte na área, além da presença de dezenas de cargueiros que, atualmente, são frequentemente observados fundeados nas proximidades do MONA Cagarras, trazendo riscos para a região, já que também são fontes de poluentes químicos.

Por essas preocupações, o Projeto Ilhas do Rio realizou o monitoramento da Qualidade da Água, para buscar compreender e aprofundar o conhecimento sobre as variações físico-químicas e microbiológicas da água no entorno do Monumento Natural das Ilhas Cagarras e áreas adjacentes.